両親の海外転勤により、4月から地方にある祖母の家から高校に通うことになった主人公。

入学式の日、他の上級生に混じって部活動の勧誘活動をしていた同じく1年生の木賊 快一郎に ミステリー研究部への勧誘をしつこく受け、断り切れずに入部してしまう。

木賊によれば、ミステリー研究部はミステリー小説を読む、書く、議論する活動の他にも、 学校内のあらゆる事件を解決する、探偵のような活動も行っているという。 しかし蓋を開けてみれば雑務や使いっぱしりの依頼ばかり。

そんなミステリー研究部にも、時々興味深い事件がやってきて......？